平凡的中學(xué)生鹿目圓（悠木碧 配音）有一個(gè)美滿的家庭，在生活中她是個(gè)性格溫順又有愛心的好孩子。轉(zhuǎn)學(xué)生曉美焰（齋藤千和 配音）的出現(xiàn)打破了小圓平靜的生活，這個(gè)性格酷酷又體弱多病的黑長(zhǎng)直少女似乎對(duì)小圓有著什么難言之隱。命運(yùn)中的相遇出現(xiàn)了，小圓在路邊救下了一只渾身是傷的奇怪動(dòng)物 ，沒想到這只動(dòng)物居然會(huì)說(shuō)人類的語(yǔ)言。它告訴小圓它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一個(gè)特殊的要求，它希望小圓能夠和它簽訂契約成為魔法少女。
魔法少女是這個(gè)世界中一種特殊的存在，她們肩負(fù)著和魔女戰(zhàn)斗的使命，作為報(bào)酬，丘比可以實(shí)現(xiàn)她們?nèi)我獾囊粋€(gè)愿望。在戰(zhàn)斗的過(guò)程中，小圓發(fā)現(xiàn)魔法少女這個(gè)職業(yè)并非故事里所描繪的那么美好，隨時(shí)有著犧牲的可能。并且，隨著戰(zhàn)斗的升級(jí)，一個(gè)關(guān)乎于她自己的殘酷真相正在逐步的浮出水面。