晴朗時(shí)節(jié)，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團(tuán)的伙伴們一同來(lái)到京都，他們即將登上自衛(wèi)隊(duì)的宙斯盾戰(zhàn)艦，體驗(yàn)一把出海作戰(zhàn)的感覺(jué)，期間還結(jié)識(shí)了美麗又有著幾分神秘的女自衛(wèi)隊(duì)員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰(shuí)知快樂(lè)的氛圍很快被恐慌所替代，戰(zhàn)艦上突然發(fā)現(xiàn)一條斷掉的手臂，消失的自衛(wèi)隊(duì)員又引起軍方的恐慌與猜測(cè)。原來(lái)某國(guó)神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機(jī)盜取戰(zhàn)艦上的絕密情報(bào)。
為了找出隱藏的對(duì)手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（緒方賢一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及遠(yuǎn)山和葉（宮村優(yōu)子 配音）通力合作，與間諜展開(kāi)連番斗智斗勇的較量…
金丸淳一 三石琴乃 小野健一 速水獎(jiǎng) 冬馬由美 池田秀一 私市淳 關(guān)俊彥 天野由梨 綠川光 安達(dá)忍 優(yōu)希比呂 石村知子 龍?zhí)镏睒?shù) 松岡洋子 神奈延年 島田敏 置鲇龍?zhí)?nbsp;水內(nèi)清光 清川元夢(mèng) 室園丈裕 鳥(niǎo)海浩輔 石井康嗣 山野井仁 山田美穗 高木禮子 坂口賢一 田中和實(shí)
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